Dr. Kate Warner, İspanya’da korkunç bir gerçekliğin farkına varır. Daha önce görülmemiş boyutta bir salgınla insanların soyu tükenmek üzeredir. Atlantis Vebası’nda neredeyse bir milyar insan ölmüştür ve ölmeyenlerse genetik değişime uğramaktadır. Bir kısmı hızla evrim geçirirken geri kalanlar giderek kötüleşmektedir. 

Dünya kaosa teslim olurken, sanayileşmiş ülkeler mucizevi ilaç Orkide’yi topluca üretip tüm dünyadaki mülteci kamplarına dağıtırlar. Ancak Orkide vebanın semptomlarını geçirse de hastalığı tedavi etmez. 

Immari ise hayatta kalan ve genetik açıdan üstün insanlardan oluşan yeni bir türün dünyaya hâkim olduğu bir düzen hayal etmektedir. 

Tüm dünya nüfusu tehlikedeyken Orkide İttifakı ve Immari savaşa tutuşur. Artık insanlığın son umudu bir tedavi bulmaktır ve Atlantis Vebası’nın arkasındaki sırları çözebilecek tek kişi Kate’tir. Cevap, insanlık tarihindeki önemli olayları, insan genomunun gizemli bir şekilde değiştiği hadiseleri anlamakta yatmaktadır. 

Kate’in yolculuğu onu Avrupa’nın boş arazilerinden Kuzey Afrika’ya kadar götürür fakat kısa süre içinde insan evriminin göründüğü gibi olmadığını keşfeder ve salgına çare bulabilmek için aklına asla gelmeyecek bir fedakârlıkta bulunması gerekecektir.