Eserin tarihte incelenmesi gereken pek çok konuya dikkat çekmesi ve araştırmacıları bu alanlara teşvik etmesi, yazarın tarihi tahlil etmedeki “üçüncü göz” yaklaşımı ve olayları değerlendirirken takındığı “tarihe doğru soruları sorma” tutumu elbetteki övgüyü hak ediyor. Üstelik Osmanlı Toplumunda Zındıklar ve Mülhidler kendi alanında önemli bir boşluğu doldurduğu gibi şimdiden klasik bir eser niteliğinde.  
Tufan Gündüz, Virgül, 56- 1999
 
Bu esaslı ve zihin açıcı çalışma gösteriyor ki zındıklık ve mülhidlik ile itham olunan çok az kişi kendilerine yöneltilen suçlamalarla hayatlarından olmuşlardır. Yine de ortaçağ Hıristiyan dünyasında ortadan kaldırılan heretiklerin veya engizisyon kurbanlarının sayısı ile karşılaştırıldığında ölüm miktarlarının ne kadar küçük olduğu dikkat çekicidir. Ocak birçok açıdan imparatorluğun imajını sergileyen önemli bir kitap yazmıştır ve ümit ediyorum ki bu kitap, Osmanlı İslâmı alanında yeni çalışmalara ilham kaynağı olacaktır.
Gottfried Hagen, (Archivum Ottomanicum 18- 2000)
 
Yazar bir defa daha, orijinal araştırmalarla ve kitabın ekinde ilk defa yayınlanan veya tercüme edilen muhtelif anahtar belgelerle alana ciddi bir katkıda bulunmuştur. Her şeyden önce, Zındıklar ve Mülhidler, Ocak’ın çoğu zaman birbirleriyle ilişkisiz veya türdeş olmayan Osmanlıca, Arapça ve Farsça kaynaklar üzerindeki etkileyici hâkimiyetinin sağladığı avantajdan tam olarak faydalanmaktadır. Aynı şekilde eser, yazarın hem çağdaş Türklerin çalışmaları hem de oryantalist literatür ile kurduğu eleştirel ilişkiyi de sergilemektedir. Profesör Ocak, Osmanlı toplumunda herezinin sosyal tarihinin ustaca ve zihin açıcı bir sentezini ortaya koymaktadır ki yakın zamanda bu nitelikte bir çalışma görülmeyecektir.
Stefan Winter, University of Chicago 
(The Turkish Studies Association Bulletin, 242-2000)
 
Tarih yazıcılığında Türkiye’de mevcut bazı önyargılara karşı çıkan/yıkan Ahmet Yaşar Ocak, bu çalışmasında; 15. ve 17. yüzyıllardan itibaren Osmanlı toplumunda ortaya çıkan zındıklık ve mülhidlik hareketini, bu hareketin çıkış sebeplerini, tesirlerini ve öncülerini literatürdeki tüm kaynakları değerlendirerek anlatıyor.
Osmanlı tarihinde imparatorluğun 15. yüzyıldan 17. yüzyıla kadarki üç yüz yıllık siyasal ve toplumsal düzenine, bu düzenin arkasındaki resmî ideolojiye karşı bazen kişisel bazen kitlesel birtakım çıkışlar görülür. Siyasal iktidarın “Zındıklık ve Mülhidlik”le itham ettiği bu hareketler, genellikle idamla cezalandırılmıştır. Bu kişilerin Osmanlı iktidarına ve resmî ideolojisine karşı duruşlarının sebepleri ve mahiyeti neydi? Toplumun hangi kesimlerinden kaynaklanıyor ve yankı buluyordu? 
A. Yaşar Ocak, bu kitabıyla bu ve buna benzer soruların cevabını ve Osmanlı tarihinin bu ilginç cephesinin bir panoramasını veriyor.