Flaubert, 1821'de Fransa'nın Rouen bölgesinde doğdu. Babası tanınmış bir doktordu. Hukuk tahsili için 18 yaşında Paris'e gitti, ama bu mesleğe ısınamadı. Tekrar Rouen'e dönerek ailesine ait kent dışındaki bir eve yerleşti. Bundan sonraki hayatı boyunca iki kez Fransa dışına yolculuk yapması ve arada bir Paris'teki edebiyat çevrelerinin ziyaret etmesi dışında, hep yalnız yaşadı. 

İlk romanı olan "Madam Bovary", 1857 yılında "Revue de Paris" dergisinde yayınlamaya başlayınca, hükümet tarafından kamunun ahlak ve dini duygularına hakaret edildiği gerekçesiyle yasak sonuçlandı ve Flaubert ülke sonraki yıllarda "Salamnıb "Üç hikaye" adlı diğer önem dava beraatla kazandı. Bundan ısal Eğitim" ve i tamamladı ama bunlar, maddi sıkıntılarından kurtulmasına yetmedi. Bu arada sağlığı da bozuldu. 1880 yılında geçirdiği felçten kısa bir süre sonra da öldü.