1962, Ankara. Galatasaray Lisesi'nin (1981) ardından Gazi Üniversitesi Mühendislik-Mimarlık Fakültesi Mimarlık Bölümü'nden mezun oldu (1986). İstanbul Teknik Üniversitesi Fen Bilimleri Enstitüsü Restorasyon programından yüksek lisans derecesi aldı (1988). Aynı Üniversitede doktorasını (1995) tamamladı. İTÜ'de 1998'de yardımcı doçent, 1999'da doçent, 2009 yılında profesör unvanlarını aldı. 1997-98 eğitim yılında Hollanda'da, 2001 yılında İngiltere'de misafir araştırmacı olarak görev yaptı. Tek yapı restorasyonu (mimari koruma) ve kent koruma uzmanı olan Eyüpgiller, 5 kitap ve ulusal ve uluslararası 100'e yakın makale ve bildiri yayınladı. Prof. Eyüpgiller Mayıs 2018 tarihinden bu yana İ.Ü. Mimarlık Fakültesi'nde "Dekan" olarak görev yapmaktadır.